Есть такой скрипт, правда для Sublime Text, но, я думаю, адаптировать для Atom будет не трудно. Займусь, как будет время и желание.
Кстати, удалось протолкнуть (https://github.com/github/linguist/pull/2512, https://github.com/github/linguist/pull/2882) нормальную подсветку для Pawn на GitHub, не прошло и года. Так что, скоро на GitHub будет нормальная подсветка синтаксиса, ждёмс).