Быстрый гуглёж показал, что ошибка "ENOENT" возникает, когда не найден указанный файл или папка, т.е. наверняка ошибка кроется в указанном пути к компилятору. Если точно уверен, что путь указан правильно, то возможно, что в нём содержатся пробелы, символы кириллицы или какие-либо другие символы (например те же скобки), с которыми Atom не умеет работать (на самом деле я очень в этом сомневаюсь, ибо этот редактор построен на браузерном движке, в котором предусмотрено более чем всё - если он умеет взаимодействовать даже с контроллерами от Xbox, то уж с разными локалями и кодировками в файловых путях он и подавно должен разбираться). Попробуй переместить компилятор (а может быть и всю папку с модом, если нужно, чтобы компилятор находился в ней) так, чтобы в пути к нему не было упомянутых символов.