Директивами #emit занимается компилятор. Для JIT инструкции, сгенерированные из "традиционного" кода на Pawn и из #emit абсолютно одинаковы.
Кстати про JIT...
VVWVV, забыл сказать, что с предложенным мной подходом нельзя будет использовать JIT, т.к. с ним невозможна модификация кода во время выполнения. Максимум можно модифицировать код при вызове коллбэка OnJITCompile, непосредственно перед JIT-компиляцией.