Open-GTO не так идеален, как хотелось бы, на самом деле.
Правда, уже и не вспомню что именно было, но когда работать с ним приходилось, была парочка не очень логично разбитых на файлы систем. И идея разбивать одну и ту же систему на pwn и inc - тоже такое себе, как по мне. Приходится много лишних телодвижений делать, чтоб проследить те или иные зависимости.
Ну а если по теме, то способов разбить код на файлы - уйма. И нельзя сказать, что какой-то из них прямо лучше других (особенно в SA-MP, где разбивка мода на файлы не распространена от слова "совсем" и нет каких-то устоявшихся реализаций). Всё очень зависит от структуры кода системы и того, как остальной код структурирован.
Лучше почитай статьи на эту тему, почерпни для себя парочку разных точек зрения и попробуй определиться с тем, что подойдёт в твоей ситуации.